Siri ini disetkan dalam sebuah dunia di mana sihir wujud dan telah digunakan sebagai teknologi. Bagaimanapun, kebolehan menggunakan sihir ditentukan oleh genetik, mengehadkan bilangan ahli sihir yang wujud. Pada tahun 2095, Tatsuya Shiba dan adiknya Miyuki Shiba adalah pelajar baru mendaftar di Universiti Gabungan Magik Sekolah Swasta ( Sekolah Tinggi Pertama) . Pelajar akan ditentukan dengan jumlah markah ujian mereka : pelajar dengan gred yang terbaik yang ditetapkan " Bloom " dan mendaftar di kurikulum Kursus 1 , manakala mereka yang mendapat gred yang rendah " Weed " dan mendaftar di Kursus 2. Miyuki mendapat markah yang tertinggi dalam ujian kemasukan dan dipilih untuk menjadi wakil untuk tahun pertama , sementara Tatsuya diletakkan dalam Kursus 2 kerana gred rendah dalam ujian praktikal , walaupun dia berjaya mendapat markah tertinggi dalam peperikasaan bertulis.
The story follows Tatsuya Shiba, a bodyguard to his sister Miyuki Shiba who is also a candidate to succeed the leadership of the Yotsuba clan, one of the Ten Master Clans that govern Japan's magicians. They enroll into First High School which segregates its students based on their magical abilities. Miyuki is enrolled as a first course student and is viewed as one of the best students, while Tatsuya is in the second course and considered to be magically inept. However, Tatsuya's technical knowledge, combat abilities, and unique magic techniques cause people to view him as an irregular to the school's standardized rankings.